Stillgewässer
Eine große Bedeutung als Lebensraum haben die Stillgewässer des Vogelsberges. Vor allem die sogenannten Vogelsbergteiche haben einen herausragenden hessenweiten Stellenwert. Zu ihnen zählen der Ober- und der Nieder-Mooser Teich, der Rothenbach Teich und der Reichloser Teich. Sie sind im Vogelsberg die wichtigsten Brut-, Rast- und Überwinterungshabitate für Wat- und Wasservögel wie Schwarzhalstaucher, Tüpfelsumpfhuhn und Krickente. Darüber hinaus zeichnen sie sich durch ein bemerkenswertes Vorkommen von Schlämmlingsfluren aus. Als solche werden die stark gefährdeten Tier- und Pflanzengesellschaften bezeichnet, welche sich auf den, bei niedrigem Wasserstand zeitweise frei gelegten, Schlammflächen der Teiche ausbilden.
Fließgewässer
Auch die Fließgewässer des Vogelsberges sind aufgrund ihrer artenreichen Moos- und Flechtengesellschaften, der Vielfalt vorhandener Fischarten sowie des Vorkommens von extrem seltenen Muschelarten von großer Bedeutung.
Besonders hervorzuheben sind die Vorkommen des Bachneunauges, des Bach-Goldhaarmooses und der Bachmuschel, deren hessenweit größtes Vorkommen sich im Vogelsberg befindet.
Quellen
Der Vogelsberg ist eines der quellenreichsten Mittelgebirge Deutschlands.
An der steilen Westseite des Berges steigt warme, feuchte Luft auf und kühlt dabei ab, sodass es häufig und ergiebig regnet. Je nach Region fallen bis zu 1.200 mm Niederschlag pro Quadratmeter und Jahr. Das Wasser versickert, wird mit dem Grundwasserstrom weitertransportiert und tritt vielerorts in Form einer Quelle wieder zutage. Je nachdem wie das Wasser aus dem Boden heraustritt, unterscheidet man Tümpel-, Sicker- und Sturzquellen.
Ein Ziel des Naturschutzgroßprojektes ist es, die Quellen im Vogelsberg in einem möglichst naturnahen und vom Menschen unbeeinflussten Zustand zu erhalten oder sie in einen solchen zurückzuführen. Dafür werden beispielsweise Quelleinfassungen zurückgebaut und standortfremde Fichten in den Quellbereichen entnommen.
Als Grenzlebensraum zwischen Grundwasser und Oberflächengewässer haben Quellen eine besondere Funktion für spezialisierte Tier- und Pflanzenarten. Zahlreiche Insektenarten, wie zum Beispiel Käfer-, Köcherfliegen- und Steinfliegenlarven nutzen die Quellen als Kinderstube und Nahrungsquelle. Viele Wasserlebewesen aus den Grundwasserleitern durchstöbern nachts die Quellen auf der Suche nach Nahrung. Einige Arten haben sich über Jahrtausende auf diese meist konstanten Kleinstlebensräume spezialisiert und können deshalb nur noch hier existieren. Sie reagieren in der Regel empfindlich auf Störungen wie zum Beispiel veränderte pH-Werte oder den Eintrag von Schadstoffen. Eine dieser hoch spezialisierten Arten ist die Rhön-Quellschnecke. Sie hat seit der letzten Eiszeit bis heute in den sauberen kühlen Quellen des Vogelsberges und der Rhön oberhalb von 400 m überlebt. Als sogenannte endemische Art ist sie weltweit nur noch in einem kleinen Areal des Dreiländerecks Hessen, Bayern und Thüringen verbreitet. Daher trägt der Vogelsberg eine hohe Verantwortung für die Art und den Erhalt ihres Lebensraumes.